Muzeum Historii Naturalnej wywodzi się z królewskiego ogrodu roślin leczniczych utworzonego przez króla Ludwika XIII w 1635 roku. Pierwotnie pełnił on funkcję czysto leczniczą, ale od 1718 roku prowadzono w nim badania naukowe. Podczas rewolucji francuskiej muzeum powiększyło swoją kolekcję i dalej rozwijało się w XIX wieku.

Dziś Muzeum Historii Naturalnej stawia sobie za cel zarówno badania naukowe, jak i publiczne rozpowszechnianie wiedzy. W Paryżu turyści można odwiedzać trzy oddziały: galerie Jardin des Plantes, parki botaniczne i ogrody zoologiczne oraz Muzeum Człowieka (Musée de l'Homme).